노동사연구소는 우수한 연구 실적을 인정받아서 한국학술연구재단의 우수연구로 선정되어 수상을 하였다. 2012년에 한국연구재단 인문사회연구본부에서는 지난 10년간 이루어진 “기초학문육성사업” 중에서 우수 사례를 선정하였다. 우수 대표 성과로 선정된 사업은 “한국 산업노동자의 형성과 생활세계 연구”(2002-2005)이다. 연구재단은 노동사연구소의 연구가 노동자를 단순히 ‘노동력’이 아닌 ‘생활인’으로 인정하고 그들이 자신의 생활을 어떻게 꾸려 왔는지에 주목했다는 점, 그 결과 기존 노동연구의 한계를 극복하고, 노동자가 주체적 행위자로서 조직하고 만들어온 생활과 역사를 새롭게 조명해 한국 사회의 변동과정을 역동적으로 해석하는 데 기여하고자 했다는 점을 높이 평가했다고 발표했다.